盡管FPGA的配置模式各不相同，但整個配置過程中FPGA的工作流程是一致的，分為三個部分：設(shè)置、加載、啟動。
復(fù)位結(jié)束配置開始
有多種方式使FPGA的配置進入這一過程。在上電時，電壓達到FPGA要求之前，F(xiàn)PGA的上電復(fù)位模塊將使FPGA保持在復(fù)位狀態(tài)；外部控制PROG_B引腳出現(xiàn)一個低脈沖也可以使FPGA保持在復(fù)位狀態(tài)。
清除配置存儲內(nèi)容
這一步稱為初始化，當(dāng)FPGA復(fù)位結(jié)束，配置存儲器的內(nèi)容會被自動清除。在這個步驟中，除配置專用接口外，F(xiàn)PGA I/O均被置于高阻態(tài)。在整個初始化過程中，INIT_B引腳被置低并在初始化結(jié)束后恢復(fù)高電平。如果INIT_B信號在外部被拉低，F(xiàn)PGA將一直停留在初始化狀態(tài)。注意PROG_B信號的脈寬不能太窄。
采樣控制信號
初始化結(jié)束后，INIT_B信號回到高電平。FPGA開始采集模式選擇引腳M[1:0]和變量選擇引腳VS。如果為主動模式，F(xiàn)PGA很快就會給出有效的CCLK。VS信號只在主動BPI及其SPI模式中生效。此時，F(xiàn)PGA開始在配置時鐘的上升沿對配置數(shù)據(jù)進行采樣。
同步化
每一個FPGA配置數(shù)據(jù)流都有一個同步頭，它是一段特殊的同步字。同步字主要用于幫助FPGA確定正確的數(shù)據(jù)位置。同步字之前的配置數(shù)據(jù)都會被FPGA忽略，也就是FPGA僅僅在同步化之后才正式開始接收配置數(shù)據(jù)。一般而言，同步字都是由0/1數(shù)目相同的二進制數(shù)組成的，如Spartan3為AA995566。
ID檢查
FPGA同步化后，會自動檢測配置流中的器件ID和目標(biāo)器件ID是否一致。這一步確保了FPGA不會被錯誤的配置流誤配置。
32位的ID中包含了28位的特征值和4位掩碼。特征值包括廠商信息，器件族，器件規(guī)模等。當(dāng)器件ID檢查遇到問題時，F(xiàn)PGA會將內(nèi)部寄存器的第一位ID_Err置高，軟件也會顯示錯誤信息。
載入配置內(nèi)容
在ID檢查順利通過后，F(xiàn)PGA開始加載配置數(shù)據(jù)。
CRC校驗
在加載數(shù)據(jù)過程中，F(xiàn)PGA會對每一幀數(shù)據(jù)進行CRC校驗。如果失敗，F(xiàn)PGA會將INIT_B信號拉低并終止配置過程。
啟動序列
FPGA配置數(shù)據(jù)加載完后，F(xiàn)PGA進入啟動序列。啟動序列事件的默認(rèn)順序為先釋放DONE引腳，然后激活I(lǐng)/O，最后啟動寫使能。實際使用中，可以通過BitGen參數(shù)對啟動順序進行設(shè)置來滿足不同的需求。
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